ผู้ประกอบการธุรกิจ SMEs มักมีความกังวลใจมากในการที่ต้องวางระบบบัญชีเพราะไม่ทราบว่าจะเริ่มต้นจากจุดไหนก่อน ปัจจุบันนี้การวางระบบบัญชีง่ายขึ้นกว่าเดิมมากเพราะมีการนำคอมพิวเตอร์มาช่วยวางระบบให้และมีราคาค่าระบบไม่แพงเหมือนสมัยก่อน ผู้ที่จะเริ่มต้นทำธุรกิจควรให้ความใส่ใจในการวางระบบบัญชีให้มาก หากระบบบัญชีมีไม่ครบจะทำให้เป็นปัญหาใหญ่ในอนาคตเมื่อกิจการเติบโตขึ้นเพราะเมื่อบริษัทใหญ่ขึ้นก็ยิ่งจะแก้ไขยากกว่าตอนเริ่มต้นธุรกิจ เจ้าของกิจการที่ไม่ได้จบด้านบัญชีมาไม่ต้องกังวลใจว่าต้องวางระบบบัญชีเอง เพราะมีผู้ที่รับผิดชอบที่จะสามารถวางระบบบัญชีได้โดยขึ้นอยู่กับการตัดสินใจว่าจะเลือกคนกลุ่มไหนใน 3 กลุ่มบุคคลนี้คือ

    1. สมุห์บัญชีและพนักงานบัญชีของกิจการเอง ผู้ประกอบการจะต้องคัดเลือกสัมภาษณ์ถึงประสบการณ์ที่เขามีว่าเคยปิดงบการเงินและวางระบบบัญชีได้ไห ไม่ใช่ผู้ที่จบด้านบัญชีจะวางระบบบัญชีได้ทุกคน หากเลือกคนที่วางบัญชีได้แล้วเจ้าของกิจการก็ยังต้องใส่ใจที่จะเรียนรู้ระบบบัญชีของธุรกิจตัวเองไปด้วยเพื่อช่วยอำนวยความสะดวกกับผู้วางระบบในการออกแบบเอกสารเพื่อใช้ในระบบบัญชีด้วย
    2. สำนักงานบัญชีหรือผู้ที่รับทำบัญชีอิสระ การคัดเลือกสำนักงานบัญชีเป็นเรื่องสำคัญอย่างมากเพราะหากเลือกสำนักงานที่ไม่รับผิดชอบการทำบัญชีแล้ว คุณอาจต้องเสียค่าปรับหรือเสียภาษีเพิ่มขึ้นได้ การเลือกสำนักงานบัญชีก็ดูจากระยะเวลาที่เขาดำเนินการมา เลือกว่าเขาถนัดในธุรกิจที่เราทำไห เช่นเราเป็นโรงงานผลิตอาหารสำเร็จรูปก็ควรถามเขาว่าได้เคยวางระบบบัญชีของโรงงานผลิตอาหารหรือไม่ เพราะแต่ละสำนักงานก็จะเก่งเรื่องที่เขามีประสบการณ์มาไม่ใช่จะเก่งไปทุกธุรกิจ
    3. บริษัทหรือบุคคลที่ขายโปรแกรมสำเร็จรูปทางบัญชีหรือผู้ที่รับจ้างเขียนโปรแกรมระบบบัญชี ในยุคปัจจุบันนี้บริษัทและห้างร้านส่วนใหญ่นิยมซื้อโปรแกรมสำเร็จรูปทางบัญชีมาใช้มีตั้งแต่ราคาถูกจนถึงราคาแพงมีตั้งแต่หลักพันจนเป็นหลักแสน ขึ้นอยู่กับบริการที่ผู้เขียนโปรแกรมจะให้ หากซื้อโปรแกรมอย่างเดียวราคาค่อนข้างถูกแต่คุณและพนักงานอาจไม่เข้าใจว่าในระบบนั้นมีอะไรบ้างและบางครั้งก็เป็นระบบบัญชีที่ไม่ตรงกับกิจการของเราก็ได้ จึงขอแนะนำให้หาระบบที่ใกล้เคียงกับกิจการของเรา หรือหากมีงบประมาณในการวางระบบบัญชีสูงก็แนะนำให้หาบริษัทเขียนโปรแกรมให้โดยเฉพาะและจ้างคนที่จบด้าน IT มาดูแลระบบอีกชั้นหนึ่งเพื่อแก้ไขปรับปรุงภายหลัง

     ดังนั้นผู้ประกอบการใหม่ไม่ต้องกังวลใจเรื่องการวางระบบบัญชีอีกแล้วเพียงแต่เลือกให้ได้สักคนในสามกลุ่มข้างบนนี้เพื่อวางระบบเพราะเราก็ไม่สามารถวางระบบได้เองแต่ก็ควรมีความเข้าใจด้วยว่าระบบบัญชีคืออะไร ระบบบัญชีคือระบบงานที่จัดเก็บข้อมูลกิจกรรมทางการค้า รายการค้าที่อยู่ในรูปแบบฟอร์ม หรือเอกสารต่างๆ ที่บันทึกทางการบัญชี โดยระบบจะรวบรวมข้อมูลเกี่ยวกับการดำเนินงานและการเงินของกิจการ เพื่อช่วยให้ฝ่ายจัดการสามารถปฏิบัติงานที่อยู่ในความรับผิดชอบให้ลุล่วงไปดีและนำเสนอข้อมูลให้แก่ผู้มีส่วนเกี่ยวข้องได้ นอกจากจะใช้ข้อมูลทางการบัญชีเป็นเครื่องวัดผลการดำเนินงานในรอบระยะเวลาที่ผ่านมาแล้ว ธุรกิจที่มีการวางระบบบัญชีที่ดี ยังเป็นเครื่องมือของฝ่ายบริหารในการควบคุมการดำเนินงานให้เป็นไปตามเป้าหมายด้วย เช่นนำตัวเลขค่าใช้จ่ายมาวิเคราะห์เพื่อลดต้นทุนได้ ลักษณะที่สำคัญของระบบบัญชี คือการจัดทำแบบฟอร์ม การบันทึกรายการที่เกิดขึ้นต่างๆในรูปแบบตัวเงิน และการทำรายงาน เพื่อให้ได้ข้อมูลสำคัญๆที่ผู้บริหารหรือฝ่ายอื่นที่เกี่ยวข้องต้องการด้วย การวางระบบบัญชีสำหรับธุรกิจใหม่ เพื่อให้เกิดความเหมาะสมกับลักษณะของกิจการมีวิธีดำเนินการตามขั้นตอนนี้

    1. กำหนดแบบฟอร์ม หรือเอกสารที่จะใช้สำหรับบันทึกรายการต่างๆของกิจการ
    2. กำหนดสมุดบัญชี ซึ่งประกอบด้วยสมุดรายวันและบัญชีแยกประเภท
    3. กำหนดรายงานที่ต้องเสนอกับผู้บริหารและบุคคลภายนอก
    4. กำหนดวิธีการปฏิบัติงานต่างๆ ให้มีการตรวจสอบซึ่งกันและกันโดยใช้วิธียืนยันตัวเลขให้ตรงกัน
    5. จัดให้มีเครื่องมือ เครื่องใช้ และอุปกรณ์เพื่อให้การปฏิบัติงานเป็นไปโดยรวดเร็วเช่น เครื่องคอมพิวเตอร์ โปรแกรมคอมพิวเตอร์ เครื่องพิมพ์ เครื่องคิดเลข เป็นต้น
    6. กำหนดผู้รับผิดชอบในการปฎิบัติงาน ตามระบบบัญชีที่วางไว้ ส่วนใหญ่จะเป็นเจ้าหน้าที่บัญชี

     ผู้ประกอบการ SMEs รายย่อมที่เป็นนิติบุคคลและเปิดดำเนินการมานานแล้วแต่ยังไม่เคยวางระบบบัญชีเลย ก็ควรเริ่มต้นวางระบบบัญชีได้แล้วโดยสอบถามบริษัทผู้รับทำบัญชีให้ช่วยวางระบบให้ หรือจะซื้อโปรแกรมสำเร็จรูปมาใช้เพื่อการบริหารภายในก็ได้เพราะบริษัทรับทำบัญชีจะปิดงบการเงินให้กับลูกค้าปีละหนึ่งครั้งเท่านั้น สำหรับงบกำไรขาดทุนรายเดือนก็ส่งให้ได้แต่ต้องขึ้นอยู่กับความต้องการของลูกค้าด้วยซึ่งจะมีค่าบริการเพิ่มขึ้นจากเดิม ผู้ประกอบการรายเล็กที่เป็นบุคคลธรรมดาหรือร้านค้าจดทะเบียนพาณิชย์ก็สามารถวางระบบบัญชีได้เช่นกันแต่ควรวางเฉพาะระบบการซื้อขายสินค้า ระบบการบริหารสินค้าคงเหลือและระบบลูกหนี้การค้าเท่านั้น เพราะไม่จำเป็นต้องส่งงบการเงินจึงไม่ต้องปิดงบดุลหรืองบแสดงฐานะทางการเงิน แต่การมีระบบบัญชีสำหรับธุรกิจรายเล็กก็เพื่อการควบคุมและใช้ในการวิเคราะห์ได้นั่นเอง

ขั้นตอน
1. ดูงาน ณ สถานประกอบการของลูกค้า
2. ดูระบบเอกสาร รับเข้า – จ่ายออก
3. ระบบใบสำคัญ รับจ่าย
4. การควบคุม ต้นทุน
5. การจัดทำงบประมาณ รายรับ – รายจ่าย
 ขั้นตอนการปฏิบัติงาน
1. สำรวจ วางแผนและวิเคราะห์งาน โครงสร้างเดิมทั้งหมด, เสนอความเห็นการปรับปรุงโครงสร้างเดิม และออกแบบกำหนดระบบบัญชี เพื่อให้เกิดความเหมาะสมและเพื่อความสอดคล้องกับโปรแกรม
2. จัดเตรียมความพร้อมพนักงานและกำหนดหน้าที่รับผิดชอบ
3. การวางระบบเบื้องต้นโดยโปรแกรม
4. การบันทึกข้อมูล
5. การเรียกดูข้อมูลและการนำข้อมูลสารสนเทศด้านบัญชีมาใช้ ภายใต้การทำงานของทีมผู้สอบบัญชีรับอนุญาต
 ขอบเขตของงาน
1. บริการวางระบบบัญชี ด้วยโปรแกรมบัญชีสำเร็จรูปโปรแกรมเอ็กเพรส
2. บริการวางระบบและดูแล งานซื้อ-ขาย-งานผลิต
3. ขั้นตอนและทิศทางการเดินเอกสารภายใน ด้วยโปรแกรมบัญชีสำเร็จรูป
4. ขั้นตอนการทำงานของการวางระบบบัญชี
5. สำรวจ วางแผนและวิเคราะห์งาน โครงสร้างเดิมทั้งหมด
6. เสนอความเห็นการปรับปรุงโครงสร้างเดิม
7. ออกแบบกำหนดระบบบัญชี เพื่อให้เกิดความเหมาะสมและเพื่อความสอดคล้องกับโปรแกรม
8. จัดเตรียมความพร้อมพนักงานและกำหนดหน้าที่รับผิดชอบ
9. การวางระบบเบื้องต้นโดยโปรแกรม
 การบันทึกข้อมูล
- การเรียกดูข้อมูลและการนำข้อมูลสารสนเทศด้านบัญชีมาใช้
- การจัดเก็บสำรองข้อมูล
- การแก้ไขปัญหาอันเกิดขึ้นในการใช้โปรแกรม
- ประเมินการทำงาน-ทดสอบและติดตามปัญหาที่อาจจะเกิดขึ้นภายหลังจากที่ได้ปรับปรุงโครงสร้าง

เงื่อนไขการชำระเงิน
 ในวันทำสัญญาชำระ 70% ของอัตราค่าจ้าง ส่วนที่เหลือ 30% จะชำระในวันสุดท้าย

ระยะเวลาการทำงาน
 จนกว่าจะวางระบบตามเป้าหมายเรียบร้อย แต่ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับความร่วมมือของบุคคลากรในหน่วยงานเป็นสำคัญ
 เจ้าหน้าที่จะเข้าไปดำเนินงานทันที ภายใน 1 สัปดาห์

ลักษณะของการวางระบบบัญชีที่ดี
 สำนักงานบัญชีสามารถใช้ข้อมูลที่แท้จริง และเที่ยงตรงในการดำเนินงาน โดยแสดงเป็นจำนวนเงินทุกรายการ
 สำนักงานบัญชีสามารถเปรียบเทียบข้อมูลในอดีตกับปัจจุบันได้ง่ายและรวดเร็ว เพื่อประโยชน์ในการจัดทำงบประมาณค่าใช้จ่ายต่าง ๆ

1. สำนักงานบัญชีสามารถนำเสนองบการเงินเพื่อใช้ประโยชน์ในการบริหาร
2. การกู้ยืมเงินทุนมาดำเนินธุรกิจจากเจ้าหนี้
3. สำนักงานบัญชีสามารถใช้ควบคุมและป้องกันการรั่วไหล
4. การใช้เงินมากเกินความจำเป็น
5. ทั้งการลักขโมย และการปฏิบัติของพนักงานที่ผิดพลาด
6. สำนักงานบัญชีสามารถใช้เป็นข้อมูลพื้นฐานเพื่อใช้ในการคำนวณภาษีที่ธุรกิจต้องชำระให้แก่สรรพากรตามกฎหมายประมวลรัษฎากร

บันทึกของระบบบัญชี
 ระบบบัญชีของสำนักงานบัญชีจะต้องบันทึก ข้อมูลเพื่อใช้ภายในและภายนอกกิจการ สำหรับภายนอกกิจการผู้ที่เกี่ยวข้อง เช่น นายธนาคารที่ธุรกิจกู้ยืมเงินหรือเจ้าหนี้ จะสนใจดูเฉพาะงบการเงินอันประกอบด้วยงบกำไรขาดทุน งบดุล และงบกระแสเงินสด จากสำนักงานบัญชี แต่สำหรับภายในกิจการการบันทึกข้อมูลจะมีรายละเอียดมากกว่านั้นเพื่อเป็น ประโยชน์ต่อการบริหารงานแต่ละด้าน บันทึกพื้นฐานของ ระบบบัญชีของสำนักงานบัญชี ประกอบด้วย
1. บัญชีแยกประเภทลูกหนี้ ใช้บันทึกยอดเงินที่ลูกค้ายังคงค้างชำระต่อธุรกิจ (ควรมีรายละเอียดลูกหนี้แต่ละรายด้วย)
2. บัญชีแยกประเภทเจ้าหนี้ ใช้บันทึกยอดเงินยังคงค้างชำระผู้ขายหรือเจ้าหนี้รายอื่น ๆ (ควรมีรายละเอียดเจ้าหนี้ทุกราย)
3. บัญชีควบคุมสินค้าคงคลัง ใช้บันทึกจำนวนรับ/จ่ายสินค้าคงคลัง จากธุรกิจทั้งหมด(ควรมีบัญชีคุมยอดแยกสินค้าคงเหลือแต่ละรายการ)
4. บัญชีเงินเดือน ใช้บันทึกค่าจ้างเงินเดือนของลูกจ้างพนักงาน และรายการหักภาษี ณ ที่จ่ายตลอดจนรายการที่จ่ายเข้ากองทุนประกันสังคม
5. สมุดเงินสด นิยมแยกเป็นสมุดเงินสดรับและสมุดเงินสดจ่าย เพื่อใช้บันทึกการรับจ่ายเงินสดของกิจการ
6. บัญชีสินทรัพย์ถาวรของธุรกิจ ใช้บันทึกราคาต้นทุนที่ซื้อสินทรัพย์เหล่านั้นมา และแสดงค่าเสื่อมราคาสะสมของสินทรัพย์แต่ละรายการ
7. บัญชีอื่น ๆ เช่น บัญชีค่าใช้จ่าย บัญชียอดขาย บัญชีต้นทุนขาย ฯลฯ การวางระบบการบันทึกข้อมูล หรือ วางระบบบัญชี ของสำนักงานบัญชี จำเป็นต่อธุรกิจ แม้ธุรกิจขนาดย่อมอาจมีผู้ประกอบการเพียงคนเดียวที่ดำเนินกิจกรรมต่าง ๆ ทั้งหมด หรือจำนวนเงินที่หมุนเวียนในการค้าเป็นจำนวนไม่มากนัก แต่การบันทึกของสำนักงานบัญชีโดยมี ระบบบัญชี ที่ดีจะคอยควบคุมและแสดงสถานภาพทางการเงิน ตลอดจนไว้วิเคราะห์สมรรถนะการดำเนินงานของธุรกิจได้เป็นอย่างดีสมกับคำที่ กล่าวว่า "บัญชีคือเครื่องมือการดำเนินธุรกิจ"